江戸時代末期。黒船が来航し開国を要求。幕府を擁護し補佐する佐幕派と、幕府打倒と新しい政権の擁立を目指す倒幕派の対立が深まり、動乱の時代を迎える。武州多摩のバラガキ（ならず者）だった土方歳三（岡田准一）は、武士になるという夢を胸に、近藤勇（鈴木亮平）や沖田総司（山田涼介）ら同志と共に京都へ向かった。芹沢鴨（伊藤英明）を局長に擁し、徳川幕府の後ろ盾のもと、市中を警護する新選組を結成。土方は副長として手腕を発揮し、厳しい法度で組織を統率。また、運命的に出会ったお雪（柴咲コウ）と惹かれあっていく。倒幕派勢力を制圧しその名を轟かせる新選組だったが、時流は倒幕へと傾いていき……。

天下取りの野望を抱く家康は、秀吉の不興を買う小早川(東出昌大)や秀吉恩顧の武将たちに取り入ろうとし、三成(岡田准一)はそんな家康のことを面白く思っていなかった。そんなある日、福島や加藤ら三成に恨みを抱く武将たちが三成の屋敷を襲撃。家康の影響力が強まっていくことに不安を抱いた三成は、上杉討伐に向かった家康を挟み撃ちにしようとし、関ヶ原での決戦が始まる。